USB-ключ от Альфа-Банка имеет юридическую силу?

Да, имеет.

Особенности работы с этой подписью отражены в документе «Правила взаимодействия участников системы “Альфа-Бизнес Онлайн”». Он оформляется при открытии расчётного счёта.